在名偵探柯南歷年的劇場版中，新蘭兩人細膩的感情線感動了許多人，而說到劇場版中蘭的首次正式告白就是在第八部劇場版《銀翼的魔術師》中了，在這部劇場版的看點除了經典的告白那一幕之外還有人氣很高的基德大人登場。

演員牧樹里所擁有的珠寶“命運的，寶石”被鎖定成為目標，預告函的署名是怪盜基德。但是，預告函為什么是送給工藤新一，時間的真相到底是什么，26個文字、滑道、怪盜基德，這一次謎題的關鍵會究竟是...

某天，毛利偵探事務所接到了知名舞臺劇女演員牧樹里的委托。委托內容是牧樹里收到怪盜基德預告信，信中指出怪盜基德將在舞臺上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指，“命運的寶石”。于是毛利小五郎接受保護寶石的工作，依據毛利小五郎的推理，基德將在演出的最后一天前來盜取這顆無價的寶石。

在演出的最后一天，毛利小五郎、小蘭和柯南受邀觀賞舞臺劇，在劇場里錯綜復雜的人群中，基德到底會假扮成誰出現在大家面前，在緊張的埋伏等候中，出現在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必須保護寶石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因為拆穿基德就等于公開自己身體縮小的秘密。柯南只好盯緊這個假的工藤新一，一刻都不能松懈。

就在舞臺劇即將落幕之前，柯南發現假的工藤新一不見了，隨即追上，但卻在一片混亂之中還是讓基德逃脫了。不過，“命運的寶石”終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假，同行的還有一同演出的其他演員。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙里，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件。

當案件被終結之時。飛機駕駛員突然因親吻過被害人牧樹里的手背導致中毒暈倒！飛機失控！此時，隱藏在人群中的怪盜基德站出來，請柯南一起駕駛飛機。基德對柯南說之所以他沒偷「命運的寶石」，是因為他發現那顆寶石是假的。

后來，怪盜基德竟然當著柯南、蘭和園子的面逃走了！柯南只能讓蘭和園子駕駛飛機，自己則用手機和變聲器指揮蘭。飛機的燃料所剩不多，簡陋的降落場地也沒有照明設施！此時蘭竟然對新一抱怨起來，現在飛機上所有乘客的命運全部掌握在蘭的手中她波動的情緒無疑給飛機的降落雪上加霜。

每一次有危險的時候新一總是不在自己身邊，偶爾難得回來馬上又不減了，總是丟下自己一個人，而最后蘭說到“我喜歡你啊，新一”

這時駕駛飛機的小蘭看到了燈光，原來是基德引來的警車幫柯南鋪成了一條跑道，這是新一告訴蘭準備降落，而燃料已經快沒有了，必須一次成功。最后飛機安全降落，并停下...而危險過去后，蘭卻以為剛剛在飛機上打電話來的不是新一而是基德，雖然柯南沒有暴露身份但這樣那句對新一的告白蘭也當做是說給基德了...

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